Fundusz Kopernikański jest funduszem wspierania inicjatyw, co oznacza, że środki nie są zbierane na określone z góry projekty, ani też na wsparcie konkretnych organizacji pozarządowych.
Funduszem Kopernikańskim, w tym dostępnymi środkami Funduszu, zarządza Rada Funduszu Kopernikańskiego, działając w oparciu o “Zasady Funduszu Kopernikańskiego” i oraz “Regulamin naboru, przyznawania oraz rozliczania wsparcia w ramach Funduszu Kopernikańskiego”.